V programu NAKI III budou podporovány pouze projekty aplikovaného výzkumu, jejichž nadpoloviční část činností v projektu tvoří činnosti aplikovaného výzkumu (tzn. průmyslového výzkumu a/nebo experimentálního vývoje), a zároveň je výsledkem projektu alespoň jeden aplikační výsledek.
Uchazečem/příjemcem i spoluuchazečem/dalším účastníkem projektu mohou být výzkumné organizace. Podniky mohou být uchazečem/příjemcem v konsorciálních projektech nebo spoluuchazečem/dalším účastníkem projektu. Doba trvání projektu je 5 let.